Das Land Schleswig-Holstein fasste in den 90er Jahre den Beschluss, die landeseigenenen Häfen zu privatisieren. Daraufhin wurde der Hafen Dagebüll den Inselkommunen zum Kauf angeboten. Nach mehren Verhandlungsjahren wurde der Erwerb des Hafens vereinbart. Zu diesem Zweck wurde am 28. Juli 1999 die Hafengesellschaft Dagebüll mbH von den Ämtern Amrum, Föhr-Land, Bökingharde, der Stadt Wyk auf Föhr und der Gemeinde Dagebüll gegründet.
Im Zuge der Verwaltungsstrukturreform des landes Schleswig-Holstein änderte sich auch die Beteiligungsstruktur der Hafengesellschaft. das Amt Amrum übertrug seinen Geschäftsanteil auf die Versorgungsbetriebe Amrum, das Amt Bökingharde übertrug seinen Anteil auf die Gemeinde Dagebüll.
Durch den notariellen Vertrag vom 30. November 1999 kaufte die Hafengesellschaft den Hafen Dagebüll mit dem Betriebsgebäude am Haffdeich. Am. 1. Januar 2000 ging der Hafen in das Eigentum der Hafengesellschaft über.
Heute ist die Hafengesellschaft Dagebüll mbH zuständig für die Häfen Dagbüll, Schlüttsiel sowie die Anleger der Halligen Hooge und Langeness.
Die Hafengesellschaft stellte fortan einen anderen Anspruch an die weitere Entwicklung des Hafens, als es bisher das Land Schleswig-Holstein tat. Wurden bislang lediglich die notwendigsten Instandsetzungen durchgeführt, so wurden in den Jahren 2000 und 2001 umfassende Instandsetzungsmaßnahmen an den Spundwänden vorgenommen.
Im Jahr 2001 wurde sodann auch ein neues Verkehrskonzept für die Hafenfläche umgesetzt. Die neue Fährhafenstraße wurde an die Hafenfläche angeschlossen. Die Wyker Dampfschiffs-Reederei (W.D.R.) verändert Ihr Hafengebäude, errichtet neue Durchfahrtterminals und verbessert damit die Abfertigung des Personen- und Fahrzeugverkehrs deutlich.
"Tor zu den Inseln": Das neue Service- und Wartegebäude bietet Fahrgästen und Ausflüglern einen attraktiven Anlaufpunkt mit vielen Angeboten, die die Wartezeit "verkürzen" und so angenehm wir möglich machen. Hierzu gehören ein Bistro oder eine maritime Ausstellung im Gebäude.
Mit dem neu errichteten Seiteneinstieg für Personen fand eine Trennung des Personen und Fahrzeugverkehrs statt. Durch diese Maßnahme konnte eine weitere, deutliche Verbesserung im Fährbetrieb realisiert werden.
Nordfriesland gilt als die Heimat und die Vorreiterregion für die Nutzung der Windkraft. Seit dem Jahr 2014 setzt der Hafen Dagebüll vollständig auf Windstrom aus der Region, produziert und geliefert von der Föhrer Windkraft-Gesellschaft. Ein Hafen, zu 100% mit erneuerbarem Strom betrieben – einmalig!